主要区别有，意思不同、基本解释不同、引证解释不同，具体如下：
一、意思不同
1、飞越
①、是指从上空飞行越过，飞扬。
②、指上升到一个新的阶段。
2、飞跃
事物从旧质到新质的转化，比喻突飞猛进。
二、基本解释不同
1、飞越
①、从上空飞行越过。
例如：飞越大西洋。
②、飞扬
例如：心神飞越 。
2、飞跃
①、事物从旧质到新质的转化，比喻突飞猛进。
例如：时代飞跃。
②、飞腾跳跃。
例如：一只鹿在开阔的田野上飞跃前进。
三、引证解释不同
1、飞越
戴望舒 《夜蛾》诗：“飞越关山，飞越云树。”
2、飞跃
鲁迅《三闲集·文艺与革命》：“社会停滞着，文艺决不能独自飞跃。”
参考资料来源：百度百科-飞越
参考资料来源：百度百科-飞跃
