等位基因最本质的区别在于它们的碱基序列不同。
等位基因是指位于一对同源染色体相同位置上，控制同一性状的不同表现类型的一对基因。这些基因虽然位于相同的位置，但它们的碱基序列（即脱氧核苷酸的排列顺序）存在差异。这种差异导致了等位基因在控制生物性状时表现出不同的遗传效应。例如，基因A和基因a可能是一对等位基因，它们控制同一性状（如眼睛颜色），但由于碱基序列的不同，基因A可能控制显性性状（如蓝色眼睛），而基因a则控制隐性性状（如棕色眼睛）。
因此，等位基因最本质的区别在于它们的碱基序列不同，这决定了它们在遗传给后代时所能表现出的不同性状。
