《深海利剑》各集剧情简介如下：
第1集：海军总部紧急会议，第一岛链突发状况，潜艇艇长下令全艇静默。深海中发现目标，潜艇在180米深度改变航向，遭遇涡流。航行中发现黑鲨级潜艇，可能暴露行踪。
第2集：吕奉光测试卢一涛，认为他是可用之才，邀请其加入潜艇兵，但卢一涛梦想是造潜艇，拒绝邀请。吕奉光再次劝说，卢一涛仍坚持己见。
第3集：潜艇成员进入潜艇，韩冰洋被任命为代理班长。卢一涛因不适应潜艇环境，出现严重水土不服反应，子晴心中略有担心。
第4集：潜艇报警器响起，学员们迅速进入备战状态，不敢懈怠。
第5集：席楠在T计划训练营中遭遇挫败感，高迪开导他，认为这是激发潜能的好事。
第6集：金子晴为卢一涛进行心理催眠，揭开其不愿回忆的记忆。
第7集：尚堂带领学员进行摸管测试，要求数清潜艇上每一根管道、开关、阀门。卢一涛质疑测试意义，尚堂恼火。
第8集：尚堂与卢一涛下围棋，并带上心理测试仪器。尚堂上半场占据主动，卢一涛防守稳固。
第9集：小夏新入职，酒会上醉酒回家，想听姜耀声音却联系不上，感到无助。
第10集：尚堂发现卢一涛未归，学员们以为他在医院。尚堂离开后，众人对尚堂找卢一涛的原因感到不解。
第11集：姜耀指挥潜艇发射鱼雷攻击目标，但未击中。
第12集：尚堂不同意卢一涛的请假申请，卢一涛无奈报警，心中仍感不安。
第13集：T计划学员们对新潜艇感到兴奋，但对卢一涛不在感到遗憾。政委与吕艇长讨论卢一涛的处理问题，认为他是好苗子。
第14集：金子晴与卢一涛海边漫步聊天，卢一涛为大家感到开心，但脸上不免失落。金子晴安慰他好好干。
第15集：卢一涛表现突出，罗布晨泼他冷水，卢一涛承认心里着急，担心跟不上实战进度。
第16集：姜耀吃醋让小夏开心不已，他硬撑着不承认，冷着脸让小夏不要搭理鹿宁。
第17集：卢一涛向金子晴表达一路走来的心理变化，感谢金子晴的坚持和鼓励。
第18集：张琳来到小夏的烧烤店，两人成为无话不谈的好朋友，诉说着各自感情上的难题。
第19集：姜耀从潜艇回来找小夏，小夏精心准备食物。姜耀吐槽卢一涛做饭，小夏提到张琳曾找过卢一涛。
第20集：潜艇下沉过程中舱体泄露，卢一涛发现潜艇偏离航道，进入死亡海域，下沉至二百二十三米。
第21集：潜艇电源不足，卢一涛提出利用洋流和磁场节省动力，吕艇长觉得想法大胆且有危险，但卢一涛坚定表示有把握。
第22集：379潜艇学员回到岸上，心情沉重，牵挂下落不明的卢一涛和吕艇长。姜耀希望小夏离开自己，小夏再次表明心意。
第23集：卢一涛发现黑鲨动力系统独特，吕艇长认为这是千载难逢的机会。两人布置伪装工事，准备与黑鲨长久战斗。
第24集：大家难以接受吕艇长和卢一涛的离开，鹿宁试图阻止韩冰洋灌酒，但韩冰洋不配合，其他人赶紧劝架。
第25集：研究院黄总工告诉韩冰洋，无人机测试搜索找人的时限是二十四小时，现在距离结束只有两个小时。
第26集：陈政委告诉卢一涛，黑鲨可能发现了他们的踪迹并紧急转移。卢一涛拿出黑鲨草图，报告其独特设计和动力消声系统，决定对黑鲨展开新研究。
第27集：卢一涛回来后，尚堂感觉到他与子晴之间有变化，找卢一涛谈话，劝他做事干脆利落。
第28集：韩冰洋被扛进仓库，张琳看到昏迷不醒的他，急切呼唤。白帆威胁张琳，称自己拿走了机密材料，要求张琳跟自己在一起，否则就嫁祸给韩冰洋。
第29集：司令部任命尚堂为379潜艇代领艇长，尚堂有所为难，但部队司令鼓励他。379潜艇再次远航。
第30集：基地司令高度肯定379潜艇首航表现，让全体官兵回去调整，准备奔赴新岗位。尚堂追问子晴情况，司令故作神秘。
第31集：801潜艇远航开始，学员们带着亲人、朋友和爱人的牵挂再次远航，这是一场自己与自己的战斗。
第32集：卢一涛感谢金子晴的锦囊妙计，让大家顺利度过难熬时间。他向金子晴表达长航中的感受，并询问子晴见到了谁，子晴只说想见的都见到了。
第33集：鹿宁发现华阳号上有枪声，周艇长让801艇跟紧。华阳号速度加快，周艇长宣布进入一级警备状态，准备浮出水面拦截。
第34集：卢一涛被尚堂批评后，找到金子晴表达歉意。金子晴坦然告诉卢一涛，他在自己心里已然是最重要的亲人，让卢一涛答应自己不管在何方都要永远惦记、支持、祝福对方。
