《飞燕惊龙》以武林争夺《归元秘籍》为核心主线，围绕昆仑派弟子杨梦寰的江湖经历展开，融合门派斗争、秘籍争夺与多角情感纠葛。具体剧情可分为以下阶段：
故事始于平静山庄突遭血洗，昆仑派弟子杨梦寰因师父一阳子获得藏真图，卷入天龙帮与九大门派的血腥争斗。藏真图指向武学奇书《归元秘籍》的线索，其由来与武林九大门派排名之争密切相关。一阳子为保护弟子，命杨梦寰与师妹沈霞琳回乡躲避，但二人仍被卷入漩涡。天龙帮主李沧澜之女李瑶红、括苍山神秘女子朱若兰先后对杨梦寰一见钟情，加上师妹沈霞琳，形成复杂的多角情感线。
一阳子按藏真图指引前往括苍山寻找《归元秘籍》，引发各派高手、江湖草莽及天龙帮的围堵。杨梦寰在争夺中屡遭暗算，却频获朱若兰、李瑶红相救。秘籍现世后，群雄混战导致秘籍得而复失，师妹慧真子更身中剧毒。此时众人发现所夺秘籍为假本，白忙一场反而激化九大门派与天龙帮的矛盾，武林冲突全面爆发。
为解慧真子之毒，一阳子前往祁连山大觉寺求灵药“雪参果”，却被囚禁；沈霞琳遭仇家绑架后落入大觉寺恶僧手中。朱若兰多次相助昆仑派解毒脱困，终被恶僧打伤，由杨梦寰护送回括苍山疗养。途中，杨梦寰结识李沧澜的徒儿陶玉，后者因妒忌沈霞琳对杨梦寰的痴恋，逐渐黑化，为后续剧情埋下伏笔。
除主线外，1985年台湾武侠剧版本还补充了杨梦寰与蓝小蝶的情感线，进一步丰富多角恋情设定。各派为争夺秘籍师徒反目、盟友相残，天龙帮与九大门派的权力博弈贯穿始终，而杨梦寰在情感与道义间的挣扎，成为推动剧情的关键动力。
