皇上在《甄嬛传》第39集中罚甄嬛的原因主要是出于保护她的目的。具体来说，有以下几点原因：
政治斗争的需要：当时，皇帝已经决定要对敦亲王年羹尧下手。敦亲王手握重兵，对皇帝构成了威胁。虽然皇帝已经与甄嬛、果郡王等人做过周密计划，但此次行动仍然存在很大的危险。为了以防万一，皇帝不希望甄嬛在这场政治斗争中受到牵连。
避免甄嬛成为目标：如果皇帝直接告诉甄嬛他的计划，那么甄嬛很可能会成为敦亲王等人的攻击目标。因此，皇帝选择了一个相对无关紧要的借口（说甄嬛嫉妒芝答应，悍妒云云），将甄嬛发配至蓬莱洲，以此来保护她的安全。
两人的共同商议：这次发配并非皇帝单方面的决定，而是他与甄嬛两人共同商议之后的结果。他们联合演了一出戏，让甄嬛表面上看起来是因为嫉妒而被罚，实际上是为了让她暂时离开皇宫这个危险的地方。
综上所述，皇上在《甄嬛传》第39集中罚甄嬛，实际上是他为了保护甄嬛免受政治斗争的波及而做出的决定。这一举动体现了皇帝在政治斗争中的深思熟虑和对甄嬛的深厚感情。
