法律分析：
水利基金按经营收入的千分之一缴纳。水利建设基金是专项用于水利建设的政府性基金，不是税。水利建设基金的计税依据是不含税收入。按月征收。凡有销售收入和营业收入的企事业单位和个体经营者，按其上年销售收入或营业收入的0.6‰征收地方水利建设基金。 按月或者季度的。
法律依据：
《财政部 国家税务总局关于扩大有关政府性基金免征范围的通知》 第一条 将免征教育附加、地方教育附加、水利建设基金的范围由现月销售额或营业额不超过三万，季销售额或营业额不超过10万的缴纳义务人扩大到月销售或营业额不超过10万，季销售额或营业额不超过30万的缴纳义务人。
水利基金的计税依据分不含税收入和实际缴纳的增值税、消费税两种情况。一、不含税收入：部分省份水利基金的计税依据是企业的不含税销售收入。具体来讲，企业在计算水利基金时，按照企业账薄或财务报表里面记载的销售收入或营业收入，作为计算水利基金的计税依据。
各省水利基金的具体比例不同。浙江省水利基金的计税比例是0.01%；而湖南省水利基金的计税比例是0.06%。水利基金在制定具体纳税比例时，可以根据自己省的实际情况进行制定。
二、实际缴纳的增值税、消费税：部分省份水利基金的计税依据是实际缴纳的增值税、消费税。在计算水利基金时，山东省选择的就是这种办法。山东省水利基金的税率是1%。虽然山东省水利基金的计税比例是1%，但是在2021年山东已经不再征收地方水利建设基金。不仅如此，就是在2020年山东省实际征收时，水利建设基金的税率也不是1%，而是按照0.5%的优惠税率进行征收。
另外，对于企业按照不含税的销售收入计算水利基金时，如果是差额征收的纳税人，计算水利基金时，按照差额后的不含税销售额计算水利基金。
