《达·芬奇密码》讲述了哈佛大学符号学教授罗伯特·兰登与密码破译专家索菲·奈芙联手揭开卢浮宫谋杀案背后涉及宗教历史与圣杯秘密的惊险故事。
故事开篇，哈佛大学符号学教授罗伯特·兰登在巴黎出差时，于午夜接到紧急电话，得知卢浮宫博物馆馆长在馆内遇害。馆长临死前留下了一系列难以捉摸的符号，这些符号成为了案件的关键线索。兰登凭借其专业的符号学知识，意识到这些符号背后隐藏着巨大的秘密。
与此同时，死者的孙女索菲·奈芙，作为一名密码破译专家，也卷入了这起案件。她与兰登携手合作，开始根据达·芬奇等艺术家画作中隐藏的线索展开调查。达·芬奇的画作向来以神秘著称，其中蕴含着许多不为人知的象征意义，而此次他们发现，这些画作正是解开谜团的关键所在。
随着调查的深入，他们逐渐发现，馆长守护的秘密涉及传说中的“圣杯”。传统认知中，圣杯是耶稣在最后的晚餐中使用的杯子，但在该故事里，圣杯有着全新的诠释，它并非指杯子，而是指抹大拉的玛利亚——耶稣的妻子，并且她承载了耶稣的血脉。这一发现颠覆了人们以往对圣杯的认知，也让案件变得更加扑朔迷离。
原来，这一秘密由“郇山隐修会”守护了千年之久。“郇山隐修会”是一个神秘的组织，他们一直致力于保护这个关于圣杯和耶稣血脉的秘密。然而，另一个极端保守的教会组织却试图将这个秘密毁灭，他们认为这个秘密会动摇教会的根基。
兰登和索菲在追查的过程中，遭遇了重重困难和危险，但他们始终没有放弃。最终，经过一番惊心动魄的冒险，他们成功揭开了这一震撼人心的历史谜团，让这个隐藏了千年的秘密重见天日。
