王祖贤出演了约70部电影，其作品可分为早期、爆红期和转型期三个阶段，各阶段代表作品如下：
这一阶段王祖贤处于演艺生涯的起步阶段，主要积累表演经验，作品以现代题材影片为主。例如与许冠杰搭档的喜剧《打工皇帝》，在影片中她开始展现自己的表演潜力，为后续的演艺发展奠定基础。
此阶段王祖贤凭借《倩女幽魂》中聂小倩一角爆红，该角色让她提名金像奖，成为其演艺生涯的重要里程碑。1991年，她在《倩女幽魂3》中的出色表现，使其荣获西班牙奇幻电影节影后。这一时期她共拍摄15部鬼怪题材电影，像《画皮》《青蛇》等，将角色中亦仙亦妖的气质发挥得淋漓尽致，成为观众心中鬼怪题材影片的经典形象代表。
除了鬼怪题材，她在商业片领域也有出色表现。在喜剧动作片《赌神》中饰演阿珍，该片票房达3629万，成为年度冠军；在《城市猎人》中，她高跟鞋打架的场面堪称经典，进一步拓宽了自己的戏路和观众群体。
这一阶段王祖贤开始减产，将更多精力投入到文艺片的拍摄中。在最后十年里，她仅拍摄了不到10部作品。2001年的《游园惊梦》中，她与宫泽理惠演同性恋人，穿男装唱昆曲的表演提名金像奖，展现了她在文艺片领域的独特魅力。其息影之作《美丽上海》，她素颜出演归国女儿，影片获第24届中国电影金鸡奖最佳故事片奖提名，为她的演艺生涯画上了圆满的句号。
