涂惠源已经再婚，现任妻子是吕婕菲。涂惠源与前妻黄绮珊于1992年结婚，1996年初离婚，育有一女，抚养权归涂惠源。离婚后多年，他与小22岁的吕婕菲相恋并结婚，两人于2010年左右完婚，至今已逾十年。2021年8月，台媒报道涂惠源再度当爸，与吕婕菲迎来儿子，当时他53岁，婚姻稳定，画面温馨。吕婕菲并非娱乐圈人士，行事低调，婚后极少公开露面，但多次被拍到与涂惠源一同出席家庭活动或外出散步。涂惠源近年淡出幕前制作，重心转向家庭生活，偶有参与音乐教学或幕后顾问工作。他与黄绮珊的过往常被提及，尤其是《听海》《剪爱》等经典歌曲据传源自二人真实情感经历，由张惠妹唱红；而再婚后的涂惠源未再公开谈论旧事，也未就前段婚姻做过多回应。网络上关于他再婚的信息集中于2021年前后多家台媒及娱乐资讯平台的报道，可信度较高。目前无任何公开信息显示他存在第三次婚姻，与吕婕菲仍为合法配偶关系。
