上海世博会事务协调局各职能部门及其主要职责如下：
办公室：负责党政文秘、机要、档案管理，制度建设，综合调研，信息工作，与组委会联络，以及信访保密事务。
综合计划部：负责制定、调整办博计划，进行分析评估，协调推进重大项目。同时负责机构建议和资金平衡，管理课题研究。
国际参展部：负责招展协调工作，协助中国政府总代表，组织参展谈判与合同签订，联络参展服务和国际展览局。
国内参展部：专门负责国内省市及港澳台地区的参展工作，包括合同签订和参展服务联络。
外事办公室：为国际参展提供外事支持，管理外事事务，安排来访和出访，处理外事手续和提供翻译服务。
主题演绎部：负责主题研究与策划，协调活动、论坛等主题内容，指导场馆主题展示和参展方的沟通协调。
展馆展示部：负责中国馆和主题馆的策展、布展与运营管理。
城市最佳实践区部：策划展示方案，组织遴选参展主体，协调规划、建设与撤展工作。
总工程师办公室与总建筑师办公室：总工程师办公室执行建筑技术方针，指导施工设计，负责技术管理、安全和质量管理；总建筑师办公室则负责园区建筑标准制定与协调，组织建筑设计研究，参与园区规划方案。
工程部：负责园区基础设施建设及协调管理，同时协调周边市政设施和公建配套。
市场开发部与运营部：市场开发部负责制定市场开发计划，进行招商合作，商业化运作，特许产品经营，以及企业招展协调；运营部负责制定运营计划，商业场地招商，物流仓储管理，环境氛围规划，并负责运营管理。
参观者服务中心与票务中心：参观者服务中心负责参观者服务计划，设施需求，预约服务，导游服务和相关工作管理；票务中心负责制定票务计划，进行票务管理，营销与推广，以及票务销售。
安保部：负责安保总体方案，安全审核，风险评估，应急处置和证照管理。
新闻宣传部与世博网站、《上海世博》杂志：新闻宣传部负责制定沟通计划，进行公众宣传，信息发布，论坛策划，宣传品制作和视觉识别系统；世博网站负责网站策划与内容管理，协助系统开发和邮箱管理；《上海世博》杂志负责编辑出版，图片库建设和相关出版物编辑。
活动部与交通管理部：活动部负责组织各类活动，吉祥物征集，活动筹备；交通管理部负责交通建设与运营方案，公共交通和交通设施管理。
规划部与参展者服务中心：规划部负责详规修编，规划审批，管线协调，参展者规划参数提供；参展者服务中心负责服务总体计划与专项方案，提供一站式服务协调。
信息化部、资金财务部、人力资源部：信息化部负责信息化总体规划，信息系统的集成与管理，信息技术支持；资金财务部负责资金统计，财务监管，援助基金管理和捐赠工作；人力资源部负责部门设置管理，人力资源，园区工作人员管理，以及培训工作。
志愿者工作部、法律事务部、行政中心：志愿者工作部负责志愿者工作规划，招募培训，日常管理及培训工作；法律事务部负责权益维护，知识产权协调，法律文件起草审核，内部法律咨询；行政中心负责行政管理，后勤保障，会议接待，行政物品管理。
党群工作部与监察审计部：党群工作部负责党的组织、宣传、统战和群众工作，机关党委、工会指导；监察审计部负责纪检、行政监察、内部审计，以及下属单位工作指导。
出入口管理部：负责出入口安检政策，应急处理和园区安全第一防线。
