《毒战》的结局存在两个版本：内地上映版中，毒枭蔡添明最终被抓获并判处死刑，结尾通过长镜头首次呈现内地注射死刑的场景；另一版本结局则是蔡添明在枪战中幸存，八年后于云南鹊桥贩毒交易现场再次逃脱。 以下为具体说明：
内地上映版结局影片核心冲突围绕缉毒警察张雷（孙红雷饰）与毒枭蔡添明（古天乐饰）的生死博弈展开。蔡添明为求自保，多次出卖同伙以换取警方庇护，甚至不惜牺牲妻女性命。最终，他在一场精心策划的跨省贩毒交易中被警方包围，双方展开激烈枪战。结局中，蔡添明被警方抓获，法庭以贩毒、杀人等多项罪名判处其死刑。 影片以极具冲击力的长镜头呈现注射死刑全过程：蔡添明被固定在执行床上，镜头跟随针管推进、药物注入直至其生命终结。这一场景因首次公开内地死刑执行细节而引发广泛讨论，导演杜琪峰通过冷峻的镜头语言，强化了“法网恢恢”的主题，同时以蔡添明的彻底覆灭传递对毒品犯罪的零容忍态度。
另一版本结局在部分海外发行版本或导演剪辑版中，结局存在显著差异。枪战结束后，蔡添明并未死亡，而是佯装中弹倒地，趁乱逃脱。 八年后，他隐姓埋名在云南边境继续贩毒活动。影片尾声，蔡添明在“鹊桥”贩毒交易现场与警方再次对峙，他利用地形优势和预先布置的陷阱，再次从缉毒行动中脱身。这一结局更侧重展现蔡添明的狡诈与生存能力，通过“猫鼠游戏”的延续凸显毒品犯罪的顽固性，同时保留了杜琪峰作品中常见的“宿命论”色彩——即犯罪者虽能暂时逃脱法律制裁，但终将陷入无尽逃亡的轮回。
结局差异的深层原因两个版本结局的差异源于不同市场的审查需求与创作意图。内地上映版严格遵循内地电影审查制度，通过死刑执行场景传递明确的法律威慑力，符合主旋律叙事要求；而另一版本则更贴近杜琪峰个人风格，保留了港式警匪片中常见的“残余反派”设定，通过开放式结局引发观众对正义与邪恶边界的思考。这种“双结局”处理既满足了商业发行需求，也体现了导演对题材的多元探索。
结局对主题的强化作用内地上映版以蔡添明的死亡收尾，彻底贯彻了“以命抵罪”的法治逻辑，强调毒品犯罪的不可饶恕性；而另一版本中蔡添明的两次逃脱，则通过犯罪者的“不死性”反衬缉毒斗争的长期性与艰巨性。两种结局共同指向同一核心：毒品犯罪对个人、家庭乃至社会的毁灭性影响，以及缉毒警察为维护正义付出的巨大牺牲。杜琪峰通过结局的差异化处理，使影片在娱乐性与思想性之间取得了平衡。
