永久性方舱医院建设趋势是具备“平疫结合”能力，非疫情时期可承担常规医疗服务或成为公共卫生中心。平时按正常功能划分运转，如划分为综合住院楼和医疗中心住院楼等常规性医疗设施；重大疫情发生时，快速转换为呼吸道传染病区使用，承担应急救治任务。
新建“平疫结合”区要从总体规划、建筑设计、机电系统配置上做到“平疫结合”，满足平时医疗服务要求，疫情时快速转换开展救治。改造建设的“平疫结合”区要合理整合现有院区功能流程，因地制宜确定平时及疫情时功能设置，开展针对性建筑设施改造和快速转换方案。
严格按照医疗流程要求做好洁污分流、医患分流规划，确保合理组织气流，避免流线交叉。预留功能转化基础条件，制订转化方案，方案宜选择可拼装的板材等材料，方便快速完成功能调整。
建设重点场景包括发热门诊、隔离病房、手术室、PCR实验室、集成冷站、平疫结合指挥仓等。
以发热门诊区域改造为例，设置病患及家属进出医院专用出入口、医护人员进出医院专用出入口、发热门诊独立出入口、车辆唯一入口和出口；主要医疗楼宇分设医护人员和病患出入口；医院出入口及主要楼宇门口设置测温点；固定发热门诊病人就诊流线和医护人员活动流线，基于患者、医护动线进行规划，实现安全可控与高效管理。
隔离病房在平面布局上区分病患通道和医护通道，并在病房内设置缓冲区。
资金来源：主要来源于财政和银行信贷。如吉林疫情中，工商银行长春分行为长春市方舱医院建设发放3亿元贷款；河南省商丘拟耗资1.35亿元新建设永久性方舱医院项目，分两个包段，包一新建方舱隔离点1000间金额为1.35亿元，包二采购移动式医疗废物微波消毒设备一台、医疗废物转运车一台金额为364万元。
建设成本：方舱医院建设成本及耗费依据现实情况与后续用途而定，公开资料显示单床位建造成本从三万到十几万不等。改建方面，参考湖南娄底做法，大概单个床位成本是3.8万元；华创证券研报认为改造和新建对应每个方舱床位价造价分别为3.7万和9.3万元/个，若各占比一半，一个床位建设费将达到6.5万元/个。
运营成本补充：方舱医院或隔离点本身无收益产生，各地在申请项目时会考虑空置时经营方式，如出租场地补充建设资金。以山东省临沂市方舱应急医院为例，指定将非疫情防控期方舱医院所在会展中心取得的租赁费收入作为还本付息来源，根据项目建设前会展中心使用次数和租赁价格确定收入。还有些方舱医院规划建设初期综合考虑后续设施拓展，如山东威海东浦湾健康驿站项目，疫情期间提供隔离和救治场所出租收入，非疫情期间提供康养、疗养服务收入，并规划了相应的收费标准。
院感防护核心：院感防护是永久性方舱医院运营的核心考虑重点。以具备“平疫结合”能力的永久性方舱医院为例，通过空间重新划分、正负压切换、设施设备快速布设等方式扩大发热门诊面积，提高接诊、检查、检验及留观能力，保证平疫转换过程的柔性，降低院感风险。
发热门诊区域防控：疫情期间发热门诊建筑平面划分为清洁区、半污染区、污染区。病人活动限制在污染区，医务人员一般工作活动限制在清洁区，半污染区是过渡地段。各区域排风系统按区域独立设置，通过专业空调以及正负压力控制系统，防止污染空气通过通风系统流到清洁区。发热门诊内清洁区、半污染区、污染区的机械送、排风系统也应按区域独立设置。
隔离病房防控：与普通病房相比，隔离病房在平面布局上区分病患通道和医护通道，病房内设置缓冲区。送风、排风系统是关键，空调及智能化方面考虑“平疫转换”需求。
管理模式：可采用政府主导、委托公立三甲医院运营管理的模式，方舱医院类似托管医院的“大科室”，能快速复制医院的管理经验和运营资源。同时要明确辖区政府和托管医院的权责，安保、餐饮配送、医疗废弃物处理、防护物资、转运车辆等保障工作由政府承担，患者筛查、诊疗等工作由托管医院负责。
物资保障：临时方舱医院存在物资短缺问题，永久性方舱医院规划期间可探索智能化的患者管理，降低医护人员与患者接触，减少院感几率，零接触补充充足的防护设备。科学制定应急储备物资目录，避免物资短缺情况发生。
