《我的秘密室友》讲述同屋的24岁大律师何正钰和2021年的陈嘉岚，由于穿越而成了同居的舍友，两人从互相看不顺眼，到后来都是靠着“金手指”打游戏，慢慢产生感情。
律师界的不败神话何正钰帮助好友青年女演员伍吉蓉打离婚官司失败，好友伍吉蓉也莫名死亡。事业遭遇滑铁卢的何正钰搬到了一家老旧公寓。
在某种秘密力量下与来自四个月前时空的热血记者陈嘉岚因为时空融合而相遇。两个被迫成为室友，每天晚上有46分钟的融合时间要生活在同一个屋檐下。两个人因为不愉快的相遇而相看两生厌。
偶然情况下，何正钰发现自己的秘密室友陈嘉岚居然与好友伍吉蓉的丈夫姜盛豪是发小，于是想要通过陈嘉岚在四个月对伍吉蓉和姜盛豪两个人的感情进行干预，从而改变自己与好友的现状。
而陈嘉岚在知道事情的经过之后，也希望自己能够拯救好友的爱情，正是在这种情况下，两个人结为同盟，决定共同挽救这段感情。在两个人一次次的努力中，伍吉蓉和丈夫的婚姻在朝着好的方向发展，而何正钰和陈嘉岚则是在共同合作的过程中开始产生朦胧的感情。
而这个时候，四个月前的何正钰出现在了观众的视野。四个月的前的何正钰还处在2021年，这个时候的他还没有经历事业的失败，仍然是那个傲娇，毒舌的金牌律师。
于是陈嘉岚开始了白天与2021年的何正钰斗智斗勇，晚上与2022年的何正钰相亲相爱的生活。新旧正钰在性格，气质上可以说是完全不同，高强的反差感让这个人物的角色魅力无比的吸引人。
最终在新旧正钰和陈嘉岚的努力下他们成功改变了伍吉蓉的命运，可是冥冥中自有定数，因为能量守恒定律，总有一方要牺牲，为了爱人能够获得生的希望，2022年的正钰献出了自己的生命，2021和2022的正钰合二为一，生活在2021年的正钰拥有了两个人的记忆，最终与陈嘉岚走在了一起。
