《生化危机4》剧情为：故事发生在2004年，主角里昂受命拯救被神秘宗教团体绑架的总统女儿阿什莉，历经村庄、古堡等地的战斗，最终击倒多个反派，过程中还与艾达·王重逢。
《生化危机4》故事发生在《生化危机2》六年后，即2004年。主角里昂·斯科特·肯尼迪在《生化危机2》后成为美国总统直接统率的最高机密组织成员，此次被派遣到欧洲某个神秘村庄（推测为西班牙或苏格兰），任务是拯救被神秘宗教团体“Los Illuminados”绑架的总统女儿阿什莉·格拉汉姆。
里昂在当地两名警察协助下抵达村庄，因与警察相处不愉快独自探路。在一处林间小屋，他遭遇怪异老汉攻击，将其击倒后发现来路被破坏，只能继续前进。进入村落，里昂发现村民丧失理智，战斗中远方钟声响起，村民纷纷放下武器离开。行动中他联系上联络人汉妮卡，救下被捕兽夹夹住的灰狼后来到村子中心，在破旧房屋中救出神秘男子路易斯·赛拉。此时村长比特罗斯·门德斯出现，里昂与村长交手被打败，和路易斯一起被击晕，还被教主奥斯穆德·萨德勒注射了寄生体“Las Plagas”。
里昂醒来后在山谷另一边，从路易斯口中得知阿什莉被关在村内教堂。他和路易斯避开村民袭击后，路易斯独自逃走。里昂回到教堂救出阿什莉，用强大武器击倒村长，离开村庄等待美国联邦政府派来的直升机，但大量村民赶到，于是他带着阿什莉进入一座古堡。在古堡中，他们遇上堡主雷蒙·萨拉查，堡主在地下矿场利用村民发掘寄生体Las Plagas并供给“Los Illuminados”。期间，路易斯找到能解开里昂和阿什莉身上寄生体的药物及样本，但奥斯穆德·萨德勒关键时刻出现夺走样本并杀害路易斯。里昂重遇曾在《生化危机2》中出现过的艾达·王，虽怀疑她是威斯克派来的间谍，但仍心存关心，后艾达逃走。阿什莉被萨拉查捉走送到有军事设施的遥远地方，里昂则击倒了萨拉查。
