《神仙传2》的游戏背景基于一段宏大的神话故事：
混沌初开与盘古创世：在混沌初开之时，盘古真人诞生。他沉睡万八千载后，挥动凿斧将混沌劈为阴阳两界，形成了天地。盘古死后，他的身体化为世间万物，如日月星辰、山河大地等。
女娲造人与创世五神：女娲继盘古之后，目睹天地间尚无生灵，便以自身为原型创造出人类，并形成了创世五神。她用泥造人，并在巨石上刻记，此石因受日月精华而渐具灵性，但后来竟有吞噬天、地、人三界的危险，于是女娲将其封印为三生石，掌管姻缘轮回。
水火二神大战与女娲补天：创世五神各司其职，但水火二神间的矛盾引发了大战，共工触怒天柱，导致天地动荡。为救人类，女娲炼就五色巨石补天，并用巨鳌的四足支撑天地。此后，人神有了六道轮回之分，女娲与得道灵共同修研天道，远离尘世。
人类文明发展与修神之路：在女娲补天后，人类文明得以发展，出现了三皇五帝，世间生灵繁多，八族共存。八大门宗成为修神正统，获得神力的人即可成为永生的神祇，屹立众生之上。
这段神话故事构成了《神仙传2》的丰富游戏背景，为玩家提供了一个充满奇幻色彩的神仙世界。
