刺客信条1的剧情核心围绕着一个科幻故事展开，主角并非Altair，而是名为Desmond Miles的酒吧服务生。Abstergo公司，一家由圣堂骑士后裔掌控的组织，试图通过基因技术，尤其是Desmond的遗传记忆，来寻找名为伊甸园碎片的神器，这些神器拥有强大的精神控制力量。游戏中，Desmond被绑架并被迫回忆祖先Altair的记忆，这些记忆以梦境的形式呈现，充满了DNA链和化学结构式的元素。
在古代历史的背景下，圣堂骑士与刺客部落的斗争贯穿始终。Abstergo的目标是控制人类意识，通过消除无法被他们影响的人来实现世界和平。然而，刺客们，如Altair和Desmond，拥有洞察幻觉的能力，这使得Mualim——Altair的师父——在试图利用神器操控Altair时面临挑战。Mualim计划让Altair杀死与第三次十字军东征相关的九个人，实则是为了独占神器，但Altair的刺客本能和对真相的质疑导致了他的计划落空。
在游戏的高潮部分，Desmond因"The Bleeding Effect"理论的力量觉醒，具备了鹰之视野的能力，他见证了实验室中同胞的惨状，揭示了背后的真相。然而，Desmond的命运并未在本作中明确，他的生死悬念留待后续作品《刺客信条》的后续章节揭示。
《刺客信条》是由Ubisoft负责开发全球大卖600万套的《波斯王子》研发团队全力研发的最新作品，而且延续他们擅长的血腥动作风格，搭配次世代主机威力打造的华丽画面，带给玩家震撼极大。《刺客信条》故事设定在欧洲中古黑暗时期，当时的统治者以高压方式统治人民诛杀异己，百姓苦不堪言，玩家扮演的是一位身怀绝艺的白衣刺客，以来无影去无踪的高超杀人技巧，专门暗杀贪官污吏，而铲奸除恶也成为玩家信守的“刺客的信条”，为就无辜百姓而努力。
