《四大名捕3》大结局剧情如下：
皇宫危机与追查真相
宋徽宗执意体察民情遭追杀，冷血、铁手、追命奉命追查，无情则袖手旁观一心复仇。皇帝庙会视察时遭遇爆破，下落不明。伍公公拼死掩护皇帝逃回皇宫，却被门卫追杀，最终惨死。冷血请求无情协助查案，无情因私人恩怨拒绝，但冷血走后，无情料到皇帝会去神候府，将其擒住藏于床下。国相与安老爷密谋，企图在皇帝死后挑起候任者纷争，推安世耿登基。
角色冲突与关系转变
冷血高度怀疑刺杀皇帝事件为安府所为，欲查安府却遭诸葛正我阻止。安府来犯时，诸葛正我以菜品为武器击退敌人。冷血在无情房间发现被藏的皇帝，皇帝被释放后决定搬救兵，冷血因姬瑶花举动可疑劝阻。无情见冷血不信任姬瑶花，顿生好感，冷血表白心中只有无情，两人重归于好。姬瑶花依偎在性情温和的安世耿怀里落泪，而冷血闻到她身上有安家味道，被其搪塞过去。
最终决战与真相揭露
皇帝在护送途中遭安老爷火器袭击，诸葛正我及时赶到挡住攻击，却被安老爷用吸功大法吸走功力，武功全废。皇帝平安归来后宣布禅让皇位给安老爷，安老爷处死国相后，姬瑶花使出破解精神道的药，将假扮皇帝的师姐逼出原形，真皇帝现身，正告安老爷狄将军不为金钱所动。姬瑶花与师姐大战，无情出手相救，姬瑶花杀死师姐后身受重伤，临终劝无情珍惜冷血，并请求其照顾妹妹们。冷血受刺激狼性大发，咬死对手。四大名捕围攻安老爷，却被其吸走功力，危急时刻，诸葛正我因安老爷贪得无厌吸进众多门派内力，体内冲突活不下去，一招击败安老爷。
结局与余韵
危机过后，皇帝大赞众人平叛有功，任命冷血为六扇门新掌门，给予其更大办案权力。皇帝还告诉无情，其父并非奸臣，实为蔡相故意陷害，承诺不再下灭门旨意。众人离开皇宫，冷血感慨正义与邪恶的斗争永不停息。
